选用优良的种藻，果胞子放散的数量多，而且健壮，大小一致，萌发率高，丝状体生长好，抗病力强，可增加紫菜亩产，保证质量。优良的藻种藻体大，完整，色泽光亮，无硅藻等附着物，具有大量成片的果胞子囊区。

工业生产环境复杂(电磁干扰、温湿度波动、振动)，且对“稳定、精准度、实时”要求高，普通精度模块(8位、12位)无法满足需求：

坛紫菜选藻种时间现在生产上往往在12－1月份进行选藻，果胞子囊成熟的适宜温度为18－20℃，在种藻选择前要停止大量剪收，铝皮保温让果胞子囊大量形成。南风天，海区表层水温高，可以促使果胞子囊大量形成，所以要在南风天作好种菜的选择和采收工作，上午选藻比较好。种藻选好后，用海水洗干净，挂在竹帘上，放在较通风处一个晚上，3－4成干就可以。

为了避免后期种菜质量差或者没有种菜，可提早选择种菜，然后放入冰箱冷冻保存。即种藻选好后，阴干或拿去晒7－8成干，装入塑料袋，压去袋中空气，将袋口扎紧，送入冷库，在－15-20℃冷冻备用。